Ajarannya yang amat kontroversial itu telah membuat gelisah para pejabat kerajaan Demak Bintoro. Kontroversi yang lebih hebat terjadi di sekitar kematian Syekh Siti Jenar.

Untuk menyebarkan ajaranya, Syekh Siti Jenar bahkan berani menghadapi resiko apapun, bahkan jika nyawa syekh Siti Jenar diambil oleh para wali, Syekh Siti Jenar tidak gentar untuk mepertahankanya. Tetapi kenapa Syekh Siti Jenar berani untuk meyakini ajaranya sebagai ajaran kebenaran bahkan dengan lantang Syekh Siti Jenar menyatakan “perang” jika ajarannya berani diberangus oleh para wali.Pandangaan Syekh Siti Jenar ini bertentanggan dengan ajaran para Wali yang sangat “ Tekstual” dalam menyebarkan Islam, atau terlepas dari kehati-hatian para Wali untuk memahamkan masyarakat Jawa yang notabenya baru mengenal Islam, dengan kata lain tingkat pemahaman Islam masih dangkal.

kedua, mereka sudah memahami ajaran tersebut, namun demi kemaslahatan umat, maka ajaran itu dianggap sesat agar masyarakat yang baru mengenal Islam tidak tersesat atas ajaran Syekh Siti Jenar itu. Pertama, karena para wali tersebut belum memang belum sampai pada maqam Syekh Siti Jenar. Hal ini karena ada dua kemungkinan sehinga para Wali mengklaim sebagai ajaran sesat. Ajaran yang disampaikannya kepada masyarakat jawa dan di cap sebagai ajaran sesat sehinga hukuman mati diberikan kepada Syekh Siti Jenar. Ajaran Syekh Siti Jenar yang sangat berani dan sempat mengegerkan tanah Jawa saat itu adalah tentang ajaran kemanunggalan yaitu kemanunggalan dengan Tuhan yang disebut Syekh Siti Jenar dengan ajaran menggatakan Manunggaleng Kawula Gusti. Syekh Siti Jenar adalah seorang pemikir yang sangat kontroversial pada zamannya. Nama Syekh Siti Jenar sudah sangat tidak asing lagi, tokoh yang menyampaikan ajaran yang “dicap” sesat.

Silsilah keluarga sunan gunung jati